Program sa bude realizovať prostredníctvom troch hlavných pilierov:
I. pilier „Excelentná veda“ bude posilňovať excelentnosť vedeckej základne Európskej únie. Cieľom je naďalej podporovať projekty hraničného výskumu, ktoré by mali byť vymedzené a riadené samotnými výskumnými pracovníkmi prostredníctvom Európskej rady pre výskum (ERC), štipendiami na finančné prostriedky a výmenami výskumných pracovníkov v rámci Akcií Marie Skłodowska-Curie a investovania do výskumných infraštruktúr (vrátane e-infraštruktúr) svetovej úrovne.
II. pilier „Globálne výzvy a konkurencieschopnosť európskeho priemyslu“ bude posilňovať kľúčové technológie a riešenia na podporu politík EÚ a cieľov udržateľného rozvoja. Bude priamo podporovať výskum týkajúci sa veľkých spoločenských výziev a posilňovať technologické a priemyselné kapacity. Z jeho prostriedkov budú čerpať aj výskumno-inovačné misie EÚ s ambicióznymi cieľmi, ktoré sa zaoberajú niektorými z najväčších spoločenských problémov a výziev.
II. pilier zahŕňa aj aktivity Spoločného výskumného centra (JRC), ktoré podporuje tvorcov politík EÚ a členských štátov prostredníctvom nezávislých vedeckých poznatkov a technickou podporou.
Druhý pilier programu bude rozdelený na šesť nasledovných klastrov:
- Zdravie
- Kultúra, tvorivosť a inkluzívna spoločnosť
- Civilná bezpečnosť pre spoločnosť
- Digitalizácia, priemysel a vesmír
- Klíma, energetika a mobilita
- Potraviny, biohospodárstvo, prírodné zdroje, poľnohospodárstvo a životné prostredie
III. pilier „Inovatívna Európa“ bude stimulovať prelomové riešenia, ktoré prispievajú k budovaniu trhu a ekosystémov priaznivých pre inovácie. Zameraný bude na to, aby sa Európa stala kľúčovým hráčom v inováciách vytvárajúcich trh prostredníctvom Európskej rady pre inovácie (EIC).
III. pilier programu Horizont Európa pomôže rozvinúť celkovú oblasť inovácií v Európe, a to aj ďalším posilnením Európskeho inovačného a technologického inštitútu (EIT) na podporu integrácie aktérov so spoločným cieľom rozvoja inovácií v oblasti výskumu, vysokoškolského vzdelávania a podnikania. Súčasťou piliera je aj oblasť Európske inovačné ekosystémy (European innovation ecosystems), slúžiaca na posilňovanie prepojenosti a výkonnosti európskeho výskumno-inovačného prostredia.
Ďalšia zložka tejto časti programu s názvom „Reforma a zlepšenie európskeho systému výskumu a inovácií“ (Reforming and Enhancing the European R&I system) zahŕňa aj činnosti týkajúce sa monitorovania a hodnotenia rámcového programu, predvídavých činností, šírenia a využívania výsledkov, modernizácie európskych univerzít, podpory a posilnenia medzinárodnej spolupráce a vedy, spoločnosti a občanov.
